Јерес и извињење
Под мукама, неки Темплари су признали хомосексуалност, и припадност загонетној религији под именом Бафомет. Њихове вође су касније оповргле ова признања, и због тога су погубљени. Неки научници сматрају да су признања лажна, што је типично за насилна признања која је изнуђивала инквизиција. Други сматрају да објашњење за ова признања лежи у тајним ритуалима који су се наводно одигравали иза затворених врата и који имају порекло у њиховом учешћу у крсташким ратовима и борбама против Сарацена. Ти ритуали укључују и одрицање од Христа и пљување на крст три пута, као и аналингус.
Према неким научницима, и недавно објављеним документима из Ватикана, намера ових дела је била симулација разних понижења и мучења којима су Крсташи могли бити подвргнути у случају заробљавања од стране Сарацена. Према овом размишљању, Темплари су били увежбавани како да њихово одрицање од хришћанства буде само мислима, али не и срцем. Основни узрок мењања религијских схватања је продор исламских и јудаистичких учења у доктрину реда. По неким тврдњама веровали су у врховно биће које се разликује од католичке интерпретације Бога. По неким тврдњама Темплари су обожавали Сатану односно његово оличење Бафомета.
Теорије завере везане за гашење Темплара често иду далеко преко најчешће прихваћених мотива, огромног богатства и политичке моћи. Позиција католичке цркве је чето описивана као неправедна према Темпларима, јер је папа у то време био изманипулисан да би помогао прогон Темплара. Др Барбара Фрејл је 2001. пронашла документе у тајним Ватиканским архивима, који показују да се папа Клемент V тајно извинио Темпларима 1314. године.
Горећи на ломачи, Жак де Моле, Велики Мајстор, је проклео краља Филипа и папу Клемента да изађу пред божји суд у року од годину дана. Папа Клемент је умро само месец дана касније, а Филип IV седам месеци касније. Многи су били одушевљени таквим развојем догађаја и ту причу наглашавали у својим хроникама.